Voor ondernemers die investeren in bedrijfsmiddelen die zijn aangewezen als milieuinvesteringen (investeringen in het belang van de bescherming van het Nederlandse milieu) geldt de milieu-investeringsaftrek. Hieronder kunnen tevens worden begrepen de kosten van een milieuadvies.

Bij een bedrag aan milieu-investeringen in een kalenderjaar van meer dan € 2.200  bedraagt de milieu-investeringsaftrek:

voor milieu-investeringen die behoren tot categorie I: 40%
voor milieu-investeringen die behoren tot categorie II: 30%
voor milieu-investeringen die behoren tot categorie III: 15%

Keuze
De milieu-investeringsaftrek is van toepassing naast de kleinschaligheidsinvesteringsaftrek. Heeft de ondernemer gekozen voor de energie-investeringsaftrek, dan komt de investering niet tevens in aanmerking voor de milieu-investeringsaftrek.

Europa
De percentages voor de milieu-investeringsaftrek zijn voor het jaar 2010 vervangen door respectievelijk 60%, 40% en 35% voor die ondernemers die voldoen aan de voorwaarden van het Europese crisissteunkader en het op basis daarvan goedgekeurde Nederlands nationaal kader voor het tijdelijk verlenen van beperkte steunbedragen.

Voorwaarden
De Belastingdienst en SenterNovem verstrekken vanaf januari 2010 op hun websites informatie over de voorwaarden, etc. Voor de ondernemers die niet aan de in deze kaders genoemde voorwaarden voldoen, blijven de aftrekpercentages 40%, 30% en 15% van toepassing.